Sebbene la Chiesa in Kiev fosse soppravvissuta alla distruzione mongola della città del 1240, i suoi Metropoliti cominciarono molto presto a risiedere nella nuova principalità di Mosca. La situazione rimase immutata fino al 1448 quando Kiev, allora sotto la dominazione Polacca-lituana, divenne una distinta metropolia sotto la giurisdizione di Costantinopoli. Presto, quindi, nel 1461, i Vescovi di Mosca dismisero il titolo di Kiev e cominciarono a considerarsi Metropoliti di Mosca. Più tardi Mosca acquistò autorità e assunse il controllo di Kiev. Il Metropolita Ortodosso di Kiev fu di conseguenza trasferito dalla giurisdizione di Costantinopoli a quella di Mosca nel 1686, un atto che il Patriarcato di Costantinopoli non ha mai riconosciuto.
Gli Ortodossi in Ucraina rimasero parte della della Chiesa Ortodossa Russa fino a quando l’Ucraina dichiarò la sua indipendenza nella caotica situazione seguita alla Prima Guerra Mondiale e alla Rivoluzione Russa. Nel 1919 il governo della nuova repubblica varò una legge a favore della costituzione di una Chiesa Ortodossa Autocefala. Tuttavia un movimento spontaneo a favore dei legami con la Chiesa Russa andò guadagnando terreno tra i fedeli ucraini ortodossi.
Tutto ciò portò alla proclamazione dell’autocefalia ucraina nella Concilio della Chiesa tenuto nel 1921. Poiché nessun Vescovo ortodosso prese parte in questa azione, il Concilio decise di ordinare il suo leader, l’Arciprete Vasyl Lypkivsky, come Metropolita di Kiev e di tutta l’Ucraina, con l’imposizione delle mani fatta da preti e  laici presenti. A causa del metodo del tutto eterodosso usato per ottenere la gerarchia e per la trascuratezza di alcuni principi canonici stabiliti, questa Chiesa non è mai stata riconosciuta da nessuna Chiesa Ortodossa. Tuttavia nel 1924 la nuova Chiesa contava 30 Vescovi e circa 1.500 preti e diaconi attivi nelle 1100 parrocchie della Repubblica Socialista Sovietica Ucraina, con 6 milioni di membri. Per la forte partecipazione dei laici nell’amministrazione di questa Chiesa, essa venne conosciuta come Chiesa ‘conciliare’.
Quando l’Ucraina fu assorbita nell’Unione Sovietica, sulle prime le autorità videro la Chiesa Ortodossa Ucraina di buon occhio; fu verso la fine degli Anni Venti che cominciarono a valutarla come l’espressione di un pericoloso nazionalismo. Sotto la pressione del governo, nel 1930 la Chiesa dichiarò se stessa dissolta e integrata nel Patriarcato di Mosca.
Tuttavia, durante l’occupazione tedesca dell’Ucraina (Seconda Guerra Mondiale), la Chiesa Ortodossa Ucraina fu per breve tempo ristabilita dai Vescovi che furono validamente ordinati da Vescovi Ortodossi polacchi. In seguito fu contestato il suo legame con la successione apostolica della tradizione, cosa che è a tutt’oggi discussa da alcune Chiese Ortodosse. Ad ogni modo, fu soppressa di nuovo quando i Sovietici riguadagnarono il controllo della regione. La situazione rimase stazionaria fino all’avvento di maggior libertà religiosa negli ultimi giorni di vita dell’Unione Sovietica.
In queste nuove condizioni, nel giugno 1990 in Kiev si tenne un Concilio Ortodosso Ucraino che elesse l’esiliato Metropolita Mstyslav degli Stati Uniti, come Patriarca. Egli tornò in Ukraina nell’ottobre del 1990 per presiedere, nella sua patria, la rinata Chiesa.
Dopo il maggio 1992 la situazione divenne più complessa quando il Patriarcato di Mosca depose il Metropolita Filarete di Kiev riducendolo allo stato laicale (giugno). Era accusato di tentata separazione della sua Chiesa da Mosca. Allora Filarete unì le sue forze all’autocefala Chiesa Ortodossa Ucraina e assunse il titolo di locum tenens del Patriarca Mstyslav, nel frattempo ritornato negli Stati Uniti. Filarete ebbe il supporto del governo ucraino nel suo impegno di formare una Chiesa Ortodossa autocefala. Tutto ciò accadeva, tuttavia, ad insaputa del Patriarca Mstyslav, il quale a novembre ruppe ogni relazione con Filarete. Ciò provocò una spaccatura tra quelli fedeli a Mstyslav e quelli collegati a Filarete, i quali ora chiamano se stessi ‘Chiesa Ucraina Ortodossa – Patriarcato di Kiev’.
Dopo la morte del Patriarca Mstyslav (giugno 1993), ciascuno di questi gruppi elesse un proprio capo. Nel settembre 1993, la Chiesa Autocefala Ucraina elesse Patriarca il 67enne rev. Volodymyr Jarema, che prese il nome di Dimitry I. Nell’ottobre 1993 la Chiesa Ucraina Ortodossa – Patriarcato di Kiev elesse il 77enne rev. Vasyl Romaniuk come Patriarca Volodymyr I. Questi morì nel 1995 e gli successe Filarete, eletto  Patriarca nell’ottobre 1995, in seguito scomunicato dai Vescovi del Concilio del Patriarcato di Mosca (febbraio 1997).

Concludendo, in Ucraina vi sono tre separate giurisdizioni ortodosse.
La Chiesa Ortodossa Ucraina, ancora legata al Patriarcato di Mosca (guidata dal Metropolita Volodymyr Sabodan) è la più grande con 7541 parrocchie secondo le statistiche governative pubblicate nel marzo 1998. Il suo centro direttivo è nel Monastero Pecherska Lavra in Kiev.
Segue la Chiesa Ucraina Ortodossa – Patriarcato di Kiev diretta dal Patriarca Filarete I, la quale ha 21 diocesi, 14 monasteri, quattro seminari e 1977 parrocchie; ha la sua base in Kiev (Chiesa di S. Volodymyr).
La Chiesa Autocefala Ucraina è la più piccola, con 1085 parrocchie, molte della quali nell’Ucraina dell’ovest. Nel 1996 il Concilio della Chiesa Autocefala depose il Patriarca Dimitry per presunti abusi finanziari, provocando la spaccatura della sua Chiesa in due fazioni.
La Chiesa Ortodossa Ucraina vanta una significativa presenza in diaspora (tutte queste comunità ora sono sotto la giurisdizione del Patriarcato di Costantinopoli).